Karl Dönitz blev i 1943 udnævnt til storadmiral og øverstbefalende for den tyske marine. Han var dermed en af de absolutte ledere i det nazistiske hierarki. Den 20. april 1945 blev han forfremmet til øverstkommanderende for de tyske tropper i Nordtyskland, Holland, Danmark og Norge. Kort før sin død udnævnte Hitler Dönitz til sin efterfølger, med pålæg om at fortsætte krigen.

Dönitz vidste udmærket ved sin udnævnelse til øverstbefalende, at krigen var tabt for Tyskland. Alligevel valgte han at kæmpe videre i endnu et par uger. Det var for at redde så mange tyske flygtninge fra øst som muligt, og i mindre grad for at efterkomme Hitlers ordrer.

I krigens sidste dage dannede Dönitz regering med hovedsæde på marinestationen i Murvik ved Flensburg. Det var her, at han den 3. maj 1945 afholdte et sidste afgørende møde. Til stede var de politiske og militære ledere i Norge og Danmark samt den tyske udenrigsminister Schwerin von Krosigk og rustningsminister Albert Speer. Dönitz fik gennemtrumfet, at kapitulationen skulle finde sted uden svære kampe. Det var imod ønsket hos den militære ledelse i Norge og Danmark.

Set i det lys fik Karl Dönitz stor betydning. Han forhindrede sammen med de politiske ministre, at byerne i Nordtyskland blev udsat for yderligere allierede angreb. Han forhindrede også, at Danmark i krigens sidste dage blev inddraget i kampene.