Sælen er det pattedyr, der hyppigst forekommer i Nationalparken. Den ernærer sig hovedsageligt af fisk. Sæler har ikke måttet jages på grund af deres skind eller som konkurrenter til menneskets fiskeri siden 1973 i Slesvig-Holsten og siden 1977 i Danmark. Siden da er bestanden vokset godt på trods af sælpesten - en virusepidemi, der rasede i 1988 og i 2002. Aktuelt lever der ca. 14.250 sæler i Nordsøen.