Seehunde sind die am häufigsten im Nationalpark vorkommenden Säugetiere. Sie ernähren sich hauptsächlich von Fisch. Seit 1973 dürfen Seehunde nicht mehr in Schleswig-Holstein und seit 1977 nicht mehr in Dänemark als Nahrungskonkurrenten oder wegen ihres Fells bejagt werden. Ihr Bestand hat sich seitdem - trotz der Staupeepidemien (einer Virusinfektion) von 1988 und 2002 - gut erholt. Derzeit leben etwa 14.250 Tiere in der Nordsee.